هو الجهاز الفني و الإداري للمجلس و تتمتع باستقلالية مالية و إدارية و لها ميزانية مستقلة ضمن موازنة المجلس التابعة لمجلس الوزراء , و يرأس الأمانة العامة الأمين العام للمجلس و ينوبه الأمين العام المساعد .
و يتكون الهيكل التنظيمي للأمانة العامة من المستويات والتقسيمات التنظيمية التالية :
أولا : مكتب الأمين العام ويحدد مستواه التنظيمي بإدارة عامه
ثانيا : مكتب الأمين المساعد ويحدد مستواه التنظيمي بإدارة
ثالثا : إدارة الشؤون القانونية
رابعا : مركز المعلومات والتوثيق
خامسا: إدارة الرقابة والتفتيش
سادسا: إدارة العلاقات العامة
سابعا: الإدارات العامة التالية
– الإدارة العامة للتخطيط وتنمية الموارد
– الإدارة العامة للتنسيق والمتابعة
– الإدارة العامة للأعلام والتثقيف والتوعية السكانية
– الإدارة العامة للدراسات والبحوث
– الإدارة العامة للمرآه
– الإدارة العامة للشؤون المالية والادارية
